対馬沿岸はリアス式海岸で、複雑な海岸線と断崖絶壁が特徴で、100を越える小島がある。それを顕著にあらわしているのが、島のほぼ中央にある浅茅湾（あそうわん）である。無数の入り江と小島からなる景観は、展望台から、遊覧船から観る人を魅了してやまない。対馬が誇る景勝地である。また、穏やかな海面から、真珠養殖が盛んで対馬真珠の名を世に知らしめている。

　気候は、対馬海流（黒潮・暖流）にもかかわらず北西の季節風のため、冬は冷たいが、降雪は少なく、夏は涼しい。10月〜 2月、放射冷却の厳しい空気の澄みきった快晴の朝、空気と海水の温度差によって、海面上に密度の違う空気の層ができ、島寄せ（浮島現象：蜃気楼の一種）が見られる。夏は涼しくしのぎやすい。

　生物は、大陸系種、対馬特産種、日本では対馬にのみ分布する種、本土種が混生していて、あたかも全島が自然生物園のようである。
　春のゲンカイツツジ、ヒトツバタゴ、タイワンモンシロチョウ、夏のゲンジボタル、ハクウンキスゲ、秋のアキマドボタル、ダンギク、冬のヤブツバキは、四季折々の対馬の風物詩である。
　なお、本土で生息するクマ、タヌキ、キツネ、サル、ウサギ、リス、イモリ、ヒグラシは生息しない。
　先人が残してくれた、貴重な自然遺産を後世に引き継ぐために努めるべきである。絶滅したキタタキの轍を踏まないために。

　2004/3/1、対馬市施行にともない、市木にヒトツバタゴ、市花にゲンカイツツジ、市鳥にコウライキジが選定された。

対馬三山

・ 白岳 （厳原町、美津島町）

　515.3m、 原生林 。対馬特産のシマトウヒレン、チョウセンヤマツツジ等貴重な植物が自生する四季折々に美しさを醸しだす名山。

白岳原生林

・ 竜良山 （厳原町）

　　　　　　　　　　　　　558.5m、 原生林 。

山頂（ハクウンキスゲ）より原生林を望む

・ 御嶽 （上県町）

　　　　　　　　　　　　　457.8m、「 御嶽鳥類繁殖地」、オジロワシ渡来地。

・ ツシマテン （イタチ科）

　1971年指定。対馬特産で、夏毛は褐色、冬毛は頭部が白色、他部は黄褐色になるのが特徴である。

・ ツシマヤマネコ （ネコ科）

　1971年指定。日本では対馬にのみ生息する大陸系のヤマネコで、中国、朝鮮半島に分布する。眉間の縦縞、丸い耳先、胴の斑点、尾尻の太さが特徴である。近年、生息数が激減し、「絶滅の恐れのある野生動植物の種の保存法」(1993年)に基づく保護対象種に指定され、保護対策、増殖が講じられている。

　2000年4月、福岡市動物園で国内初の人工増殖に成功、１頭の子猫（♀）が生まれ、2001年4月16〜17日双子が生まれた。2002年3月22日、三つ子が生まれ、3年連続人工増殖に成功した。2003年4月7日、同園で子猫1頭生まれた。

・ ヒトツバタゴ （モクセイ科）

　1928年上対馬町鰐浦を自生地指定。

【県指定】

・ ツシマジカ（偶蹄目シカ科）

　冬毛が黄褐色で背に黒条のある点はユーラシア大陸のアカシカに似ているが，尾はニホンジカと同じく白色。1966年「対馬のシカ」全島指定。1983年、美津島町尾崎半島西海岸を生息地地域指定に指定変更。1976年、分類学的に対馬固有種としてツシマジカに名称変更。


・ アキマドボタル （ホタル科）

　1966年厳原町阿須川流域の生息地を地域指定。日本では対馬にのみ生息する。

・ キタタキ剥製標本

　1963年、剥製（♂）を指定。厳原町資料館に保管されている。これは、1902年、平田 駒太郎が御獄で採集したものである。1923年、御獄生息地が国の天然記念物に指定されたが、現在対馬では絶滅したと思われる。

・ 万松院の大スギ 万松院の大スギ（厳原町）

　1966年指定。石段参道西側、墓地に雄姿が3本そびえる。

・ 琴の大イチョウ （上対馬町）

　1961年指定。長松寺の境内の雄株。約200年前の落雷で空洞であるが樹勢はよく、樹齢日本一全国有数のイチョウ巨木である。

・ 唐洲の大ソテツ （豊玉町）

　1978年指定。青木邸庭の名木で、37�uに広がるソテツ珍巨木である。

・ 千尋藻・六御前神社のイチョウ （豊玉町）

　1972年指定。

・ 木坂・海神神社社叢 （峰町）

　1975年指定。照葉樹林。

・ 仁位・和多都美神社社叢 （豊玉町）

　1976年指定。

・ 千尋藻の漣痕 （豊玉町）

　1966年指定。